生殖器上长小水泡可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣等疾病引起，也可能是其他原因导致。以下是一些可能的原因和治疗方法：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起。HSV可通过性接触传播，感染后会在生殖器部位出现水疱、溃疡，并伴有疼痛、瘙痒等症状。治疗方法包括抗病毒药物、止痛药物等。
2.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起。主要通过性接触传播，表现为生殖器部位的疣状赘生物。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、免疫疗法等。
3.过敏反应：对避孕套、避孕润滑剂、某些内裤材质等过敏，可能导致生殖器部位出现过敏反应，表现为水疱、瘙痒等。治疗方法是避免接触过敏原，并使用抗过敏药物。
4.其他原因：生殖器部位的感染、创伤、炎症等也可能导致水疱的出现。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因和治疗方法，具体情况需要根据个人症状、病史、实验室检查等综合判断。如果出现生殖器上长小水泡的情况，应及时就医，明确诊断，并根据医生的建议进行治疗。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为，保持生殖器部位的清洁和干燥。