三岁宝宝脸上有咖啡斑可采取以下方式处理：
1.观察：咖啡斑多为淡褐色斑，可在出生时或出生后不久出现，且会随着年龄增长而逐渐变大、颜色变深。如果咖啡斑较小，没有其他异常，通常不需要特殊处理，可先观察。
2.就医检查：若咖啡斑较大、数量较多，或伴有其他异常，如神经系统症状、皮肤损害等，需及时就医，进行相关检查，如皮肤镜检查、基因检测等，以明确病因。
3.治疗方法：
激光治疗：是目前治疗咖啡斑的主要方法之一。通过激光的光热作用，击碎色斑颗粒，使其随身体代谢排出体外。激光治疗一般需要多次进行，具体治疗次数与咖啡斑的大小、颜色、深浅等因素有关。
冷冻治疗：利用低温作用于病变组织，使其坏死、脱落。冷冻治疗适用于较小的咖啡斑，但可能会留下色素沉着或瘢痕。
手术治疗：对于面积较大、较深的咖啡斑，或激光治疗、冷冻治疗效果不佳的情况，可考虑手术切除。手术治疗后需注意伤口护理，避免感染。
4.注意事项：
治疗后要注意皮肤护理，保持清洁干燥，避免摩擦和刺激。
避免阳光直射，外出时可涂抹防晒霜或使用遮阳伞。
饮食上要注意营养均衡，多吃富含维生素C、维生素E的食物，有助于皮肤恢复。
定期带宝宝到医院复查，观察治疗效果。
需要注意的是，以上内容仅供参考。每个宝宝的情况都不同，具体治疗方法应在医生的指导下进行。