发烧伴肌肉酸痛，主要由感染性疾病、免疫性疾病、内分泌疾病等引起。具体为：
1.感染性疾病：细菌、病毒、真菌等感染可导致发烧伴肌肉酸痛，如流感、肺炎、尿路感染等。
2.免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等，可导致自身免疫反应，引起发烧和肌肉酸痛。
3.内分泌疾病：如甲状腺功能亢进，可导致代谢率增加，出现发烧和肌肉酸痛。
4.其他：恶性肿瘤、药物副作用等也可导致发烧伴肌肉酸痛。
此外，剧烈运动、过度劳累、中暑等情况也可能导致发烧伴肌肉酸痛。如果出现发烧伴肌肉酸痛，建议及时就医，明确原因，并进行针对性治疗。