先天性耳瘘管发炎可先尝试药物治疗，若感染严重或药物治疗无效，则需进行手术治疗。以下是具体处理方法：
1.药物治疗：
局部治疗：使用过氧化氢溶液、生理盐水等清洁瘘管，拭去脓液，然后外用抗生素软膏，如莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等。
全身治疗：在医生的指导下口服抗生素，如头孢呋辛酯、阿莫西林等，以控制感染。
2.手术治疗：
若感染反复发作，或形成了脓肿，需要进行手术治疗。手术的目的是切除瘘管，以防止感染的再次发生。
手术一般在感染控制后进行，医生会在局部麻醉下进行操作。手术切口较小，术后恢复较快。
需要注意的是，先天性耳瘘管发炎时，应避免挤压瘘管，以免炎症扩散。同时，要保持耳部清洁，避免进水。如果症状加重或出现发热等全身症状，应及时就医。