男士射精后小肚子疼的主要原因有以下几点：
1.前列腺炎或精囊炎：这两种疾病会导致前列腺或精囊等器官发生炎症，射精时会加重炎症反应，从而引起小肚子疼痛。
2.肌肉痉挛：射精时，男性的会阴部、耻骨上区的肌肉会发生节律性收缩，称为“射精痛”。如果这些肌肉发生痉挛性收缩，就可能导致小肚子疼痛。
3.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的迂曲、伸长和扩张，称为精索静脉曲张。精索静脉曲张也会导致射精后小肚子疼痛，同时还可能伴有睾丸下坠感、阴囊湿冷、胀痛等症状。
4.其他原因：
性生活过于频繁：性生活过于频繁会导致前列腺、精囊等器官长期处于充血状态，容易引起炎症。
性生活时动作过于剧烈：性生活时动作过于剧烈，可能会导致小肚子肌肉拉伤，从而引起疼痛。
其他：膀胱炎、附睾炎、疝气等疾病也可能导致射精后小肚子疼痛。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要根据患者的具体症状、体征以及相关检查来确定。如果出现射精后小肚子疼痛的情况，建议及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。