月经推迟三天今早出现褐色分泌物，可能是以下原因导致：
1.怀孕：女性怀孕后，卵巢会停止排卵，子宫内膜也不会出现增生与脱落，因此会出现停经。如果已经怀孕，此时可能会出现先兆流产，导致褐色分泌物排出。可以自行购买验孕棒或早孕试纸检测，如结果为阳性，建议进一步去医院复查，明确诊断。
2.月经失调：如果女性长期处于压力下，会抑制下丘脑垂体的功能，使卵巢不再分泌女性荷尔蒙及不排卵，月经就会开始紊乱。此外，长期的熬夜、过度节食、内分泌失调等也可能导致月经失调，出现月经推迟、褐色分泌物等症状。
3.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、子宫内膜异位症等，都可能导致月经异常，出现褐色分泌物。
4.其他：服用紧急避孕药、节育环等，也可能会引起月经推迟、褐色分泌物等。
如果出现月经推迟三天今早有褐色分泌物排出的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免性生活。