月经推迟三天且阴道有褐色分泌物排出的原因可能是内分泌失调、妊娠或其他妇科疾病，具体原因如下：
1.内分泌失调：如果最近精神压力较大、经常熬夜或处于焦虑、紧张的情绪中，可能会导致内分泌紊乱，从而引起月经推迟和阴道褐色分泌物。此外，一些妇科疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌失调，引起类似症状。
2.妊娠：如果有性生活且没有采取避孕措施，月经推迟三天并伴有阴道褐色分泌物，可能是怀孕引起的。怀孕后受精卵着床时，可能会导致子宫内膜少量脱落，引起褐色分泌物。此外，宫外孕、先兆流产等情况也可能导致阴道流血。
3.其他妇科疾病：除了内分泌失调和妊娠，一些妇科疾病也可能导致月经推迟和阴道褐色分泌物，如子宫内膜息肉、子宫肌瘤、宫颈炎等。
如果出现月经推迟三天且阴道有褐色分泌物排出的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的生活习惯，避免熬夜、过度劳累，保持心情愉悦，注意个人卫生，勤换内裤，避免感染。