低血糖可对身体多个系统造成损害。首先，对神经系统影响较大，轻度低血糖可能导致头晕、乏力、注意力不集中等，若未及时纠正，严重时会引起意识障碍、抽搐，甚至昏迷，长期反复严重低血糖还可能造成不可逆的脑损伤。其次，对心血管系统有影响，可使心率加快，严重时可能诱发心律失常等心血管事件。再者，对内分泌系统也有干扰，会促使体内升糖激素分泌增加，进一步打乱血糖调节机制。另外，对于糖尿病患者来说，频繁低血糖还可能导致血糖波动增大，增加糖尿病并发症发生的风险，比如加速糖尿病肾病、视网膜病变等的进展。
对神经系统的持续损害
长期反复低血糖会损伤神经细胞，影响神经功能，可能出现认知功能下降、记忆力减退等问题，尤其对老年人和儿童的神经系统发育或功能维持影响更显著，儿童长期低血糖可能影响智力发育。
对心血管系统的不良影响
低血糖时身体处于应激状态，会释放儿茶酚胺等物质，导致心率加快、血压升高，长期如此会加重心脏负担，增加患心血管疾病的风险，像冠心病患者发生低血糖时更易出现心脏方面的不良事件。
对内分泌系统的紊乱作用
低血糖刺激机体分泌胰高血糖素、肾上腺素等升糖激素，长期频繁这种刺激会使内分泌系统调节失衡，进一步干扰正常的血糖代谢，使得血糖波动幅度加大，不利于血糖的稳定控制。
对糖尿病患者的特殊危害
糖尿病患者发生低血糖后，血糖波动会破坏血管内皮功能，加速动脉粥样硬化，促进糖尿病肾病、视网膜病变等微血管并发症的发展，同时还可能导致患者对低血糖的感知能力下降，形成低血糖 - 高血糖的恶性循环。
对于儿童，低血糖可能影响其生长发育，因为大脑发育和身体代谢在儿童时期都处于关键阶段，低血糖会干扰正常的代谢过程；对于老年人，低血糖可能诱发心脑血管意外，因其本身心脑血管功能相对较弱，低血糖带来的应激反应更易引发危险。所以无论是哪类人群，都应重视低血糖的预防和及时处理，比如糖尿病患者要合理用药、规律饮食，避免空腹剧烈运动等可能引发低血糖的情况。