牙龈根部发黑可能是以下原因导致的：
1.色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、喝茶等，可能会导致色素沉着在牙龈根部，使牙龈看起来发黑。
2.牙结石：牙结石是由牙菌斑和食物残渣等在牙齿表面沉积形成的，牙结石长期刺激牙龈，可能会导致牙龈发炎、萎缩，使牙龈根部看起来发黑。
3.龋齿：如果龋齿没有及时治疗，可能会导致牙髓坏死，牙髓中的血液渗出，积聚在牙龈根部，使牙龈看起来发黑。
4.牙周炎：牙周炎是一种侵犯牙龈和牙周组织的慢性炎症，主要症状为牙龈红肿、出血、牙周袋形成、牙槽骨吸收、牙齿松动等，如果不及时治疗，可能会导致牙龈萎缩，使牙龈根部看起来发黑。
5.全身性疾病：某些全身性疾病，如糖尿病、贫血、白血病等，也可能会导致牙龈发黑。
如果发现牙龈根部发黑，建议及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。同时，要注意保持口腔卫生，定期洗牙，避免吸烟、喝咖啡、喝茶等。