跑步后膝盖内侧痛，可能是由多种原因引起的，是否能够自愈取决于具体情况。以下是一些可能的原因和分析：
1.运动过度或不当：如果跑步的强度过大、频率过高，或者跑步姿势不正确，可能会导致膝盖内侧的肌肉、韧带或软骨受到过度的压力和磨损，引起疼痛。这种情况下，适当休息、调整跑步方式和强度，结合物理治疗（如冷敷、热敷、按摩等），通常可以缓解疼痛，疼痛可能会自愈。
2.肌肉紧张或劳损：跑步时，膝盖内侧的肌肉可能会过度紧张或劳损，导致疼痛。通过伸展运动、放松肌肉、加强肌肉力量训练等方法，可以缓解肌肉紧张，促进恢复，疼痛可能会自愈。
3.半月板损伤：半月板是位于膝盖内部的软骨结构，它可以缓冲压力和减少摩擦。半月板损伤可能导致膝盖内侧疼痛，这种情况下，疼痛可能不会自行消失，需要进一步的诊断和治疗，如磁共振成像（MRI）检查。如果损伤较轻，可能通过休息、物理治疗和药物治疗来缓解症状；如果损伤严重，可能需要手术治疗。
4.其他原因：膝盖内侧痛还可能与滑膜炎、韧带损伤、髌骨软化症等疾病有关。这些情况需要专业医生的评估和治疗，通常不能自行自愈。
需要注意的是，如果跑步后膝盖内侧痛持续时间较长（超过几周）、疼痛加重、出现肿胀、活动受限等症状，应及时就医。医生会进行详细的身体检查和相关的影像学检查，以确定疼痛的原因，并制定相应的治疗方案。
此外，为了预防跑步后膝盖内侧痛的发生，可以采取以下措施：
逐渐增加跑步的强度和距离，避免过度疲劳。
保持正确的跑步姿势，注意步伐、步频和身体的重心。
进行充分的热身和拉伸运动。
选择合适的跑鞋，提供良好的支撑和减震。
保持身体健康，加强膝盖周围肌肉的力量和稳定性。
注意休息和恢复，给身体足够的时间来修复和恢复。
总之，跑步后膝盖内侧痛是否能够自愈因人而异。如果疼痛持续或加重，应及时就医，以便获得正确的诊断和治疗。同时，采取预防措施可以降低疼痛的发生风险。