益生菌在以下时间吃效果最佳：
1.早餐前：胃酸分泌在早餐前达到高峰，此时胃酸的含量比较高，益生菌容易被胃酸杀死，空腹时胃酸的含量较低，益生菌更易到达肠道发挥作用。
2.晚上睡前：夜间人的血钙水平较低，有利于钙的吸收，同时晚间12点至凌晨是人体血钙含量最低的时候，有利于刺激甲状腺素的分泌，促进肠道蠕动，减少食物在肠道中停留的时间，预防肠道腐败菌的繁殖，进而调整肠道菌群。
3.与抗生素同服：如果正在服用抗生素，建议在服用抗生素后2至3小时后再服用益生菌，以避免抗生素杀死益生菌。
需要注意的是，服用益生菌时水温不宜过高，最好在37℃以下，以免益生菌死亡。同时，益生菌不能与铋剂、鞣酸、药用炭、酊剂等药物合用，以免影响药效。如果需要长期服用益生菌，建议在医生的指导下进行。