先天性胆总管囊肿手术时机的选择主要取决于囊肿的大小、症状以及患儿的年龄等因素。一般来说，以下情况需要手术治疗：
1.囊肿直径大于5厘米。
2.出现腹痛、黄疸、发热等症状。
3.囊肿逐渐增大。
4.合并胆管炎、胆石症等并发症。
5.发现胆总管囊肿癌变。
对于年龄较小的患儿，如果囊肿较小且没有明显症状，可密切观察，定期复查超声，待患儿稍大后再行手术。但如果囊肿较大或出现症状，应尽早手术治疗，以避免并发症的发生。
手术的目的是切除囊肿，胆道重建，防止胆汁淤积和反流，预防并发症的发生。手术方式包括囊肿切除、胆道重建和肝管空肠Roux-en-Y吻合术等。
总之，先天性胆总管囊肿的手术时机需要综合考虑多种因素，建议在医生的指导下进行个体化治疗。