宝宝出生时阴茎短小可能由以下原因引起：
1.遗传因素：阴茎的大小和形状可能受到遗传因素的影响。如果家族中有阴茎短小的情况，宝宝出生时阴茎短小的可能性也会增加。
2.宫内发育不良：在子宫内发育时，阴茎的发育可能受到影响。如果宝宝在子宫内受到某些因素的干扰，可能会导致阴茎发育不完全。
3.激素水平异常：宝宝的激素水平对阴茎的发育起着重要作用。如果宝宝的激素水平异常，例如睾酮水平低，可能会影响阴茎的正常发育。
4.其他健康问题：某些健康问题也可能导致宝宝出生时阴茎短小，如尿道下裂、隐匿性阴茎等。
需要注意的是，宝宝出生时阴茎短小并不一定意味着存在问题。在大多数情况下，随着宝宝的生长发育，阴茎会逐渐长大。如果家长对宝宝的阴茎大小存在疑虑，建议咨询医生进行进一步的评估和检查。医生会根据具体情况进行评估，并提供相应的建议和指导。
此外，无论宝宝的阴茎大小如何，家长都应该给予宝宝足够的关爱和照顾，关注其健康和发育情况。如果有任何异常或疑虑，及时咨询专业医生是非常重要的。