宝宝出生阴茎短小的原因可能是隐匿性阴茎、发育不良、遗传因素等，具体如下：
1.隐匿性阴茎：这是一种常见的先天性发育异常，是由于阴茎肉膜发育异常，导致阴茎体缩藏于体内，仅露外口。隐匿性阴茎如果不及时治疗，可能会影响阴茎的发育，导致阴茎短小。
2.发育不良：如果宝宝在母体内发育不良，或者出生后营养不良，可能会影响阴茎的发育，导致阴茎短小。
3.遗传因素：阴茎短小也可能与遗传因素有关，如果家族中有阴茎短小的病例，宝宝出现阴茎短小的概率可能会增加。
4.其他：如果宝宝患有某些疾病，如先天性肾上腺皮质增生症、雄激素不敏感综合征等，也可能会影响阴茎的发育，导致阴茎短小。
需要注意的是，宝宝出生时阴茎短小并不一定意味着存在问题，因为阴茎的发育会受到多种因素的影响。如果家长对宝宝的阴茎发育情况存在疑虑，建议及时咨询医生，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况给出相应的建议和治疗方案。