怀孕两个月胚胎停止发育的原因主要有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因，约50%-60%的流产胚胎存在染色体异常。
2.母体因素：
内分泌失调：怀孕后，母体的激素水平会发生变化，如果黄体功能不足、甲状腺功能减退等，可能会影响胚胎的发育。
免疫因素：母体的免疫系统可能会对胚胎产生攻击，导致胚胎停止发育。
全身性疾病：严重的感染、高热、严重贫血或心力衰竭等全身性疾病，可能会影响胚胎的发育。
生殖器异常：子宫畸形、子宫肌瘤、宫腔粘连等生殖器异常，可能会影响胚胎的着床和发育。
强烈的应激：严重的躯体或心理的不良刺激，如手术、过度紧张、焦虑等，可能会导致胚胎停止发育。
3.父亲因素：精子的染色体异常也可能导致胚胎停止发育。
4.环境因素：过多接触放射线和化学物质等环境因素，也可能导致胚胎停止发育。
如果怀孕两个月出现胚胎停止发育，需要及时就医，进行清宫手术，以免引起宫内感染。术后需要注意休息，加强营养，同时要查找胚胎停止发育的原因，以便下次怀孕时能够及时发现并处理。