怀孕三个月胚胎停止发育的原因主要有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。约50%-60%的早期流产是由胚胎染色体异常引起的。
2.母体因素：
内分泌失调：怀孕后，母体的激素水平会发生变化，如果母体的内分泌失调，如黄体功能不足、甲状腺功能减退等，可能会影响胚胎的发育，导致胎停育。
子宫异常：子宫是胚胎生长发育的地方，如果子宫存在结构异常、黏膜下肌瘤、宫腔粘连等问题，可能会影响胚胎的着床和发育，导致胎停育。
免疫因素：母体的免疫系统可能会对胚胎产生攻击，导致胎停育。常见的免疫因素包括自身免疫性疾病、同种免疫异常等。
感染因素：母体感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，可能会影响胚胎的发育，导致胎停育。
3.父亲因素：父亲的精子染色体异常也可能导致胚胎停止发育。
4.环境因素：孕妇在怀孕期间接触到有害物质，如化学物质、辐射、噪音等，可能会影响胚胎的发育，导致胎停育。
如果怀孕三个月时出现胚胎停止发育，需要及时就医，进行清宫手术，以免引起宫内感染。术后需要注意休息，加强营养，保持外阴清洁，同时需要查找胎停育的原因，并进行针对性治疗。