牙上有黑点通常是由多种原因引起，可能是色素沉着、龋齿等情况导致。
一、色素沉着
长期食用深色食物、饮料，如咖啡、浓茶、巧克力等，或者吸烟等，会使色素沉积在牙齿表面，形成黑点。这是因为这些物质中的色素会附着在牙齿的牙釉质上，时间久了就会显现为黑点。一般这种情况牙齿本身的硬组织没有被破坏。
二、龋齿
细菌感染是引发龋齿的主要原因。口腔中的变形链球菌等细菌会利用食物中的糖分产生酸性物质，这些酸性物质逐渐腐蚀牙齿的牙釉质，最初可能表现为牙齿表面出现黑点，随着病情发展，黑点会逐渐扩大，牙齿可能会出现龋洞等情况。龋齿早期如果不及时处理，病变会继续向深处发展，影响牙髓等。
三、牙菌斑
牙菌斑是一种细菌性生物膜，由大量细菌、细胞间物质等组成。如果口腔卫生不佳，牙菌斑会逐渐堆积在牙齿表面，时间长了可能会呈现为黑色的斑点。牙菌斑不断累积可能会进一步引发龋齿、牙龈炎等问题，尤其是儿童如果口腔清洁不到位，更容易形成牙菌斑导致牙齿出现黑点。
四、氟斑牙
如果在牙齿发育矿化阶段（7岁前）长期饮用含氟量过高的水，可能会导致氟斑牙，牙齿表面会出现白垩色、黄褐色的斑块，看起来也可能像黑点。氟斑牙的严重程度与摄氟量有关，轻度氟斑牙可能只是牙齿表面有一些颜色改变，重度氟斑牙牙齿会有明显的缺损等情况。对于儿童来说，在牙齿发育时期要特别注意饮用水中氟的含量，避免氟斑牙的发生。