新生儿化脓性脑膜炎是否会留下后遗症，与多种因素有关，需要具体情况具体分析，不能一概而论。以下是一些可能影响后遗症发生的因素：
1.病原菌种类：不同病原菌引起的化脓性脑膜炎，其预后和后遗症发生率也有所不同。例如，流感嗜血杆菌引起的化脓性脑膜炎，后遗症发生率相对较低；而革兰氏阴性杆菌引起的化脓性脑膜炎，后遗症发生率相对较高。
2.病情严重程度：病情越严重，发生后遗症的风险越高。如果新生儿出现持续高热、抽搐、意识障碍等严重症状，或者治疗不及时或不彻底，都可能增加后遗症的发生风险。
3.治疗方法：及时、规范的治疗可以有效降低后遗症的发生率。治疗方法包括使用抗生素、对症支持治疗等。如果治疗不当，如抗生素使用不当、疗程不足等，都可能影响治疗效果。
4.新生儿自身情况：新生儿的自身情况也会影响后遗症的发生。例如，存在先天性畸形、免疫功能低下等情况的新生儿，更容易发生化脓性脑膜炎后遗症。
需要注意的是，即使新生儿化脓性脑膜炎得到及时、规范的治疗，仍有部分患儿可能会留下后遗症，如智力障碍、听力障碍、运动障碍、癫痫等。因此，对于新生儿化脓性脑膜炎，家长需要密切配合医生的治疗，同时注意观察患儿的病情变化，及时发现问题并进行处理。如果患儿出现异常情况，应及时带其到医院进行检查和治疗，以尽可能减少后遗症的发生。