肾结石碎石后仍疼痛可能与多种因素有关，如碎石排出过程中刺激尿路、局部组织损伤、感染等。
碎石排出刺激尿路
碎石后结石碎块会通过输尿管等尿路排出，在这个过程中，碎块移动可能刺激尿路黏膜，引起疼痛，一般这种疼痛可能会持续数天，随着碎块逐渐排出，疼痛会慢慢缓解。
局部组织损伤
碎石过程中可能对肾脏、输尿管等局部组织造成一定损伤，损伤部位会引起疼痛，损伤程度不同，疼痛持续时间和程度也有所差异，一般轻度损伤引起的疼痛会在数周内逐渐减轻。
感染因素
如果碎石后发生感染，炎症刺激会导致疼痛加重，还可能伴有发热、尿频、尿急等症状，感染得到控制后，疼痛也会相应减轻。
个体差异
不同患者对疼痛的耐受程度不同，而且身体状况、结石大小和位置等因素也会影响疼痛的表现，比如身体较为虚弱的患者可能对疼痛更敏感，疼痛持续时间可能相对较长。