头孢呋辛酯胶囊和头孢克肟胶囊都是抗生素药物，都属于头孢菌素类抗生素，但在化学结构、抗菌谱、药代动力学、不良反应等方面存在一些区别。
1.化学结构：头孢呋辛酯胶囊是头孢呋辛的前体药物，在体内经酯酶水解后释放出头孢呋辛而发挥抗菌作用；头孢克肟胶囊则是第三代头孢菌素，其化学结构与头孢呋辛酯胶囊不同。
2.抗菌谱：头孢呋辛酯胶囊对革兰氏阳性球菌，如金黄色葡萄球菌、链球菌属等有较强的抗菌作用，对部分革兰氏阴性杆菌也有一定的抗菌活性；头孢克肟胶囊对革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌均有较广泛的抗菌作用，包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、大肠埃希菌等。
3.药代动力学：头孢呋辛酯胶囊口服后吸收良好，血药浓度较高，达峰时间较短，生物利用度较高；头孢克肟胶囊口服后吸收迅速，血药浓度较高，达峰时间较短，半衰期较长。
4.不良反应：头孢呋辛酯胶囊和头孢克肟胶囊的不良反应相似，主要包括胃肠道反应、过敏反应、肝功能异常等。但头孢克肟胶囊的不良反应发生率相对较低。
需要注意的是，头孢呋辛酯胶囊和头孢克肟胶囊都是处方药，需要在医生的指导下使用。在使用过程中，应注意药物的禁忌症、不良反应等，避免滥用药物。同时，应按照医生的建议使用药物，不要自行增减剂量或停药。如果出现不良反应，应及时就医。