衣原体和支原体都是一类能通过滤菌器、严格细胞内寄生、并有独特发育周期的原核细胞型微生物。它们的区别如下：
1.大小结构：衣原体为革兰氏阴性病原体，是一类能通过滤菌器的原核细胞型微生物。衣原体广泛寄生于人类、鸟类及哺乳动物。衣原体不耐热，在室温下迅速丧失传染性，加温至50℃15分钟即可将其杀死。衣原体有两种存在形式，分别为原体和始体。原体有感染性，始体无感染性。支原体没有细胞壁，衣原体有细胞壁。
2.生物学特性：衣原体是专性细胞内寄生，衣原体有独特的发育周期，这个周期包括原体和始体两个发育阶段。原体具有感染性，它是衣原体在宿主细胞外的存在形式。始体不具有感染性，它是衣原体在宿主细胞内的繁殖形式。支原体是一类没有细胞壁的原核细胞型微生物，支原体可以在无生命的培养基上生长繁殖，支原体的繁殖方式是二分裂。
3.所致疾病：衣原体感染可引起多种疾病，如沙眼、包涵体结膜炎、泌尿生殖道感染、性病淋巴肉芽肿、呼吸道感染等。支原体感染可引起呼吸道、泌尿生殖道、关节等部位的感染。
4.治疗方法：衣原体感染的治疗方法主要是使用抗生素，如四环素、红霉素、阿奇霉素等。支原体感染的治疗方法与衣原体感染相似，也主要是使用抗生素。
总之，衣原体和支原体的区别主要在于大小结构、生物学特性、所致疾病和治疗方法等方面。