怀孕三个月肚子不舒服可能由多种原因引起，以下是一些常见的情况：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程可能会引起腹部不适感，如轻微的疼痛或坠胀感。
2.激素变化：怀孕期间，激素水平会发生变化，这也可能影响腹部的感觉。
3.消化不良：怀孕期间，消化系统的功能可能会受到影响，导致消化不良、胃胀、恶心等症状。
4.韧带拉伸：子宫周围的韧带会随着子宫的增大而拉伸，这可能引起腹部的牵扯感或疼痛。
5.其他：如便秘、腹部受凉、情绪紧张等也可能导致肚子不舒服。
需要注意的是，如果肚子不舒服伴有阴道出血、剧烈疼痛、发热等异常症状，或者症状持续不缓解或加重，应及时就医，以排除其他潜在的问题，如先兆流产、宫外孕、炎症等。
在怀孕期间，保持良好的生活习惯和饮食习惯也有助于缓解肚子不舒服的症状，如：
1.注意休息，避免过度劳累。
2.避免长时间站立或坐着，适当活动。
3.穿着舒适宽松的衣服。
4.保持心情愉悦，避免紧张和焦虑。
5.注意饮食卫生，避免食用不洁食物或刺激性食物。
6.按照医生的建议进行产前检查。
如果对肚子不舒服的症状有任何疑虑或担忧，最好咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行详细的检查和评估，并给予相应的建议和指导。