手指甲盖上有横纹，凹凸不平，可能是以下原因导致的：
1.甲营养不良：可能与维生素、微量元素缺乏，或甲周皮肤病等有关。
2.扁平苔藓：病因尚不明确，可能与免疫、遗传、感染等因素有关。
3.银屑病：病因尚不清楚，可能与遗传、环境、免疫等因素有关。
4.湿疹：可能与遗传、环境、免疫等因素有关。
5.其他：某些系统性疾病（如斑秃、扁平苔藓、糖尿病等）也可能导致手指甲盖上有横纹，凹凸不平。
治疗方法主要包括以下几个方面：
1.补充维生素、微量元素：如果是甲营养不良导致的，可以适当补充维生素A、E、B12等，以及钙、铁、锌等微量元素。
2.治疗原发病：如果是扁平苔藓、银屑病、湿疹等疾病导致的，需要积极治疗原发病。
3.外用药物：可以使用尿素软膏、水杨酸软膏等软化指甲，促进指甲生长。
4.口服药物：如果病情严重，需要口服药物治疗，如维生素A、E，免疫抑制剂等。
5.其他治疗：如光疗、中医治疗等。
需要注意的是，导致手指甲盖上有横纹，凹凸不平的原因较多，如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。