孕晚期39周时肚子像来月经一样疼痛，可能是以下原因引起：
1.假性宫缩：孕晚期可能会出现假性宫缩，其特点是宫缩持续时间短且不恒定，间歇时间长且不规律，宫缩强度不增加，常在夜间出现，清晨消失，不会引起宫颈管缩短和宫口扩张，对胎儿影响较小。
2.胎儿入盆：孕39周时胎儿可能已经入盆，此时可能会牵拉子宫颈，引起类似来月经的疼痛。
3.先兆临产：先兆临产的主要标志为不规律子宫收缩，孕妇可感到下腹部疼痛，常较轻微，且子宫收缩持续时间短，间歇时间长，不伴有宫颈管缩短和宫口扩张。
4.临产：临产开始的标志为有规律且逐渐增强的子宫收缩，持续30秒或以上，间歇5～6分钟左右，同时伴有进行性宫颈管消失、宫口扩张和胎先露部下降。
5.其他：孕妇腹部受到撞击、过度劳累、性生活等，也可能引起子宫收缩，导致肚子疼痛。
如果疼痛持续时间较长、程度较重、伴有阴道流血或流水等症状，应考虑早产、胎盘早剥等异常情况，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
在孕晚期，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，注意观察胎动情况，如有异常应及时就医。同时，应定期进行产前检查，以便及时发现和处理问题。如果出现肚子疼痛，应注意休息，避免紧张和焦虑，如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医。