蹲起时腿窝疼的厉害，可能与以下原因有关。
1.腘窝囊肿
原因：腘窝囊肿是一种常见的良性病变，通常是由于膝关节滑膜囊向后膨出，形成的囊性肿物。当囊肿较大时，可能会压迫周围组织，引起疼痛、肿胀等症状。
治疗：较小的囊肿一般不需要治疗，定期观察即可。如果囊肿较大，或出现明显的疼痛、肿胀等症状，可能需要手术治疗。
2.半月板损伤
原因：半月板是位于膝关节内部的软骨结构，具有缓冲和稳定膝关节的作用。半月板损伤后，可能会出现膝关节疼痛、肿胀、弹响等症状。
治疗：半月板损伤的治疗方法取决于损伤的程度。轻度的半月板损伤可以通过休息、物理治疗等方法缓解症状。如果半月板损伤较为严重，可能需要手术治疗。
3.膝关节滑膜炎
原因：膝关节滑膜炎是一种由于滑膜炎症引起的疾病，可能与感染、创伤、免疫因素等有关。主要表现为膝关节肿胀、疼痛、活动受限等症状。
治疗：膝关节滑膜炎的治疗方法包括休息、制动、物理治疗、药物治疗等。如果病情较为严重，可能需要进行关节穿刺抽液或滑膜切除术等治疗。
4.其他原因
除了上述原因外，腘窝部位的肌肉、韧带损伤，髌骨软化症，骨性关节炎等疾病也可能导致蹲起时腿窝疼的厉害。
总之，蹲起时腿窝疼的厉害可能是多种原因引起的，如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。