下蹲起来时膝关节疼痛厉害可能由以下原因引起：
1.髌股关节紊乱：髌股关节是膝关节的重要组成部分，当髌股关节出现紊乱时，会导致膝关节疼痛、肿胀、无力等症状。这种情况常见于长期从事蹲位工作或运动的人群，如举重运动员、舞蹈演员等。
2.半月板损伤：半月板是膝关节内的一种纤维软骨结构，具有缓冲和稳定膝关节的作用。当半月板受到损伤时，会出现膝关节疼痛、肿胀、弹响等症状。半月板损伤常见于运动损伤或膝关节退变。
3.膝关节滑膜炎：膝关节滑膜炎是一种无菌性炎症，可导致膝关节肿胀、疼痛、活动受限等症状。膝关节滑膜炎常见于感染、创伤、自身免疫性疾病等。
4.膝关节骨关节炎：膝关节骨关节炎是一种退行性疾病，主要与年龄、肥胖、劳损、创伤等因素有关。膝关节骨关节炎主要表现为膝关节疼痛、僵硬、肿胀等症状，活动后症状加重。
5.其他原因：膝关节周围的肌肉、韧带、神经等组织损伤或病变也可能导致膝关节疼痛，如肌肉拉伤、韧带损伤、神经炎等。
针对下蹲起来时膝关节疼痛厉害的情况，可以采取以下措施：
1.休息：停止一切可能加重膝关节疼痛的活动，如长时间下蹲、跑步、跳跃等。
2.物理治疗：可以采用热敷、冷敷、按摩、针灸等物理治疗方法，缓解膝关节疼痛。
3.药物治疗：可以使用非甾体抗炎药、镇痛药、活血化瘀药等药物，缓解膝关节疼痛。
4.注射治疗：对于严重的膝关节疼痛，可以采用注射治疗，如玻璃酸钠注射、封闭治疗等。
5.手术治疗：对于严重的膝关节疾病，如半月板损伤、膝关节骨关节炎等，可能需要手术治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果膝关节疼痛厉害，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便制定个性化的治疗方案。同时，在日常生活中，要注意保护膝关节，避免长时间下蹲、过度运动等，保持适当的体重，注意膝关节保暖。