怀孕两个月零五天孕酮低且内裤有褐色分泌物，可能与以下因素有关。
1.先兆流产：怀孕后，孕酮水平低可能导致子宫壁与蜕膜分离，引起少量出血，出现褐色分泌物。如果出血量增加或伴有腹痛，可能会发展为难免流产。
2.异位妊娠：受精卵在子宫外着床发育，也会导致孕酮水平低和阴道出血。这种情况比较危险，需要及时就医。
3.其他：胚胎发育异常、母体患有全身性疾病（如严重的贫血、高血压、糖尿病等）、内分泌失调（如黄体功能不足）等也可能导致这种情况。
需要注意的是，褐色分泌物并不一定意味着严重问题，但也不能忽视。建议及时就医，进行详细的检查（如B超、孕酮和人绒毛膜促性腺激素测定等），以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。
如果确诊为先兆流产，医生可能会建议卧床休息、补充孕激素等。如果是异位妊娠，则需要进行相应的治疗，如手术或药物治疗。此外，在治疗期间，孕妇应注意以下事项。
1.保持良好的心态，避免紧张和焦虑。
2.严格按照医生的建议进行治疗和休息。
3.注意个人卫生，保持外阴清洁。
4.避免性生活和剧烈运动。
5.按时复查，了解胚胎发育情况。
如果对孕酮低和褐色分泌物的情况有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更详细和个性化的建议。同时，孕妇在孕期应注意定期产检，及时发现和处理任何异常情况，保障自身和胎儿的健康。