月经结束两天后同房出血，可能与以下因素有关：
1.子宫内膜尚未完全修复：月经结束后，子宫内膜可能尚未完全修复，如果此时进行同房，可能会导致尚未修复的子宫内膜再次出血。
2.妇科疾病：某些妇科疾病，如宫颈炎、宫颈息肉、子宫肌瘤等，也可能导致同房后出血。
3.其他因素：同房时动作过于剧烈、使用了某些避孕工具等，也可能导致阴道出血。
如果出现月经结束两天后同房出血的情况，建议采取以下措施：
1.注意观察：如果出血量较少，且没有其他不适症状，可以先观察一段时间，注意保持外阴清洁。
2.就医检查：如果出血量较多、持续时间较长，或伴有其他不适症状，如腹痛、白带异常等，应及时就医，进行妇科检查、B超等检查，以明确病因。
3.治疗疾病：根据检查结果，医生会制定相应的治疗方案。如果是妇科疾病引起的出血，可能需要进行药物治疗、物理治疗或手术治疗等。
4.注意休息：在治疗期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的生活习惯。
5.避免同房：在治疗期间，应避免同房，以免影响治疗效果或导致病情加重。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果出现月经结束两天后同房出血的情况，应及时就医，以便明确病因并采取相应的治疗措施。同时，应注意个人卫生，保持外阴清洁，避免感染。