巧克力囊肿患者平时可以服用的药物主要有以下几类：
1.孕激素类药物：如黄体酮、地屈孕酮等，这类药物可以抑制子宫内膜生长，使异位的子宫内膜发生退行性变，从而缓解巧克力囊肿引起的痛经等症状。
2.避孕药：通过抑制排卵、改变子宫内膜环境等作用来缓解巧克力囊肿引起的不适。
3.中医中药：中医认为巧克力囊肿是由于瘀血内阻、气血运行不畅所致，因此可以采用活血化瘀、软坚散结的中药进行调理，如桂枝茯苓胶囊、散结镇痛胶囊等。
需要注意的是，巧克力囊肿患者的具体用药应根据个人情况在医生的指导下进行选择，同时还应定期进行复查，以便及时调整治疗方案。此外，在服用药物期间，患者应注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物，保持良好的生活习惯和心态，有助于提高治疗效果。