巧克力囊肿与卵巢肿瘤的区别主要在于以下几个方面：
1.病因：
巧克力囊肿：是子宫内膜异位症的一种病变，异位的子宫内膜在卵巢内生长，形成囊肿，每月的生理期会有经血潴留，进而形成巧克力囊肿。
卵巢肿瘤：是指发生于卵巢上的肿瘤，其病因尚不清楚，可能与遗传、内分泌、生活方式等因素有关。
2.症状：
巧克力囊肿：多数患者表现为痛经、性交痛、月经失调等症状。囊肿较大时，可能会出现腹部包块、腹胀等症状。
卵巢肿瘤：早期多无症状，随着肿瘤的生长，可能会出现腹部肿块、腹胀、腹痛等症状。此外，还可能出现月经紊乱、阴道流血等症状。
3.诊断：
巧克力囊肿：主要通过超声检查、CA125测定、腹腔镜检查等方式进行诊断。超声检查可发现卵巢内有囊性肿块，CA125测定可作为辅助诊断指标。腹腔镜检查可直接观察卵巢情况，并进行组织活检，明确诊断。
卵巢肿瘤：主要通过超声检查、CT、MRI等影像学检查，以及肿瘤标志物检测、细胞学检查等方式进行诊断。必要时，还需进行手术探查和病理检查，以明确诊断。
4.治疗：
巧克力囊肿：治疗方法包括药物治疗和手术治疗。药物治疗主要用于缓解症状，控制病情进展。手术治疗主要包括腹腔镜手术和开腹手术，根据患者的年龄、生育要求、病情等因素选择合适的手术方式。
卵巢肿瘤：治疗方法主要根据肿瘤的性质、大小、位置、患者的年龄等因素来决定。治疗方法包括手术治疗、化疗、放疗等。对于良性肿瘤，手术切除即可；对于恶性肿瘤，需要综合治疗。
需要注意的是，巧克力囊肿和卵巢肿瘤都可能对患者的健康造成影响，因此，一旦发现相关症状，应及时就医，明确诊断，并进行相应的治疗。