药流三个月后有残留物，应根据残留物的大小、位置以及患者的症状等因素，采取以下治疗方法。
1.观察等待：如果残留物较小，且没有明显的症状，可以先观察等待。医生会建议定期进行超声检查，以监测残留物的大小和变化情况。
2.药物治疗：如果残留物较小，且有一定的血流信号，医生可能会建议使用药物促进残留物的排出。常用的药物包括益母草、新生化颗粒等。
3.清宫手术：如果残留物较大，或存在明显的症状，如持续出血、腹痛等，清宫手术是一种有效的治疗方法。清宫手术可以通过阴道操作，将残留物清除干净。
4.宫腔镜手术：对于一些特殊情况，如残留物位于子宫角部、宫颈管内等，宫腔镜手术可能是更好的选择。宫腔镜手术可以通过宫腔镜的观察和操作，准确地清除残留物。
总之，药流三个月后有残留物需要及时就医，医生会根据具体情况制定个性化的治疗方案。患者应积极配合医生的治疗，注意个人卫生，保持良好的心态，促进身体的恢复。