药流三个月后有残留物，可能是药流不全导致的，需要及时就医，医生一般会根据残留物的大小、位置等因素，采取以下治疗方法。
1.药物治疗：如果残留物较小，医生可能会建议使用促进子宫收缩的药物，如益母草、新生化颗粒等，帮助残留物排出。同时，还可能会使用抗生素，预防感染。
2.清宫手术：如果残留物较大，或者药物治疗效果不佳，医生可能会建议进行清宫手术，即通过手术将残留物清除。清宫手术一般在麻醉下进行，是一种比较安全有效的治疗方法。
3.其他治疗方法：如果残留物位于子宫角等特殊部位，或者患者有其他禁忌症，无法进行清宫手术，医生可能会采取宫腔镜下清宫术、子宫动脉栓塞术等治疗方法。
需要注意的是，药流后三个月有残留物，可能会导致感染、出血、不孕等并发症，因此需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，在药流后，患者需要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活和盆浴一个月。如果出现发热、腹痛、阴道出血量多等异常情况，应及时就医。