新生儿先天性甲状腺功能低下主要是由于甲状腺发育异常，如甲状腺缺如或发育不全等；也可能是甲状腺激素合成途径中相关酶缺陷导致激素合成障碍；还有可能是母亲在孕期摄入抗甲状腺药物等影响胎儿甲状腺功能。
甲状腺发育异常所致
甲状腺在胚胎发育过程中出现缺如或发育不全情况，使得甲状腺无法正常分泌足够的甲状腺激素，从而引发先天性甲状腺功能低下。这种发育异常可能与遗传因素等有关，导致甲状腺原始组织未能正常分化发育成具有功能的甲状腺组织。
激素合成障碍引发
甲状腺激素合成需要多种酶参与，当相关酶出现缺陷时，激素合成过程受阻，甲状腺激素分泌量不足。例如过氧化物酶缺乏等酶缺陷情况，会使碘的有机化过程不能正常进行，进而影响甲状腺激素的合成，引发疾病。
母亲孕期因素影响
母亲在孕期如果服用了抗甲状腺药物等，这些药物可能通过胎盘影响胎儿甲状腺功能，干扰胎儿甲状腺激素的正常合成与分泌，导致新生儿出生后出现先天性甲状腺功能低下。
温馨提示：对于有家族遗传甲状腺疾病史的家庭，更要重视新生儿相关筛查；孕期女性应避免随意服用可能影响胎儿甲状腺的药物，定期产检监测胎儿甲状腺情况，以便早期发现和干预新生儿先天性甲状腺功能低下问题。