新生儿先天性甲状腺功能低下主要是由于甲状腺发育异常，如甲状腺缺如或发育不全，这会导致甲状腺无法正常合成和分泌甲状腺激素。另外，甲状腺激素合成途径中相关酶缺陷，也会影响甲状腺激素的合成，从而引发该病症。
甲状腺发育异常因素
甲状腺在胚胎发育过程中出现问题，比如原始甲状腺组织未能正常迁移至颈部形成正常甲状腺，就会致使甲状腺功能低下。这可能与遗传因素等有关，部分患儿存在相关基因的突变，影响甲状腺的正常发育。
甲状腺激素合成酶缺陷因素
体内参与甲状腺激素合成的某些酶发生缺陷，会干扰甲状腺激素的合成过程。例如过氧化物酶缺陷等，使得甲状腺激素合成量不足，进而引发先天性甲状腺功能低下。
母体因素影响
母亲在妊娠期如果自身存在甲状腺相关疾病，如自身免疫性甲状腺疾病等，可能会通过胎盘影响胎儿甲状腺功能，导致新生儿先天性甲状腺功能低下。
碘缺乏因素
若孕妇在孕期碘摄入不足，会影响胎儿甲状腺激素的合成，增加新生儿患先天性甲状腺功能低下的风险。因为碘是合成甲状腺激素的重要原料之一。
对于患有先天性甲状腺功能低下的新生儿，需尽早发现并进行治疗，通常需要终身服用甲状腺激素替代药物。同时，要密切监测患儿的甲状腺功能指标，根据指标调整药物剂量，以保证患儿正常的生长发育。家长要定期带患儿到医院进行复查，关注患儿的智力发育、身高体重等情况，给予患儿精心的护理和照顾。