怀孕三个月肚子有点隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，可能会引起腹部隐痛或牵扯痛。
3.子宫收缩：在怀孕早期，子宫可能会出现不规则的收缩，称为假性宫缩。这些收缩可能会导致腹部轻微疼痛，但通常不会持续很长时间。
4.其他原因：如肠胃不适、盆腔炎、阑尾炎等，也可能引起腹部疼痛。
如果疼痛不严重，没有阴道流血等异常情况，可以先观察。注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果疼痛持续加重或伴有阴道流血等异常情况，应及时就医，进行相关检查，以排除其他潜在的问题。
此外，怀孕后应注意保持良好的生活习惯，均衡饮食，适量运动，定期产检，以保障自身和胎儿的健康。