怀孕三个月肚子有点隐隐作痛可能由多种原因引起。一般来说，这可能是正常的生理现象，也可能是一些异常情况导致。
生理性原因
子宫增大引起的牵拉痛：
怀孕三个月时，子宫开始逐渐增大，会引起子宫周围的韧带受到牵拉，从而出现隐隐作痛的感觉。这种疼痛通常比较轻微，位置多在下腹部，一般不会伴有其他明显异常表现。而且这种子宫增大牵拉韧带导致的疼痛是孕期常见的生理现象，随着孕周增加可能会有一定变化，但多数孕妇都能适应。
激素变化导致的不适：
孕期体内激素水平会发生很大变化，孕激素水平升高，会使盆腔充血，也可能导致肚子有隐隐作痛的感觉。这种激素变化引起的疼痛一般程度较轻，孕妇可能会感觉到下腹部有轻微的坠胀感或隐痛，通常不会对胎儿造成不良影响，一般不需要特殊处理，随着孕期进展，激素水平逐渐稳定后，这种疼痛可能会有所缓解。
病理性原因
先兆流产：
如果肚子隐隐作痛伴有阴道少量流血，或者疼痛逐渐加重，就要警惕先兆流产的可能。先兆流产可能是由于胚胎染色体异常、孕妇自身患有某些疾病（如甲状腺功能减退等）、过度劳累、剧烈运动等原因引起。此时需要孕妇及时就医，进行相关检查，如超声检查查看胎儿情况、孕激素水平测定等，必要时需要进行保胎治疗。
宫外孕：
虽然宫外孕在怀孕三个月时相对少见，但也不能完全排除。宫外孕是受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管等，随着胚胎的生长，会导致着床部位破裂或刺激周围组织，引起肚子隐隐作痛，常伴有阴道不规则流血。如果怀疑宫外孕，需要通过超声检查、血HCG测定等明确诊断，一旦确诊需及时处理，否则可能会有生命危险。
肠道问题：
孕妇在孕期胃肠功能可能会发生变化，如果饮食不当，吃了不洁食物或不易消化的食物，可能会引起肠道痉挛、肠炎等，导致肚子隐隐作痛。比如吃了过多辛辣刺激性食物、生冷食物等，可能会出现腹痛，还可能伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。这时候需要孕妇注意调整饮食，吃一些清淡易消化的食物，如果腹痛严重或伴有其他不适，需要就医检查，在医生指导下进行相应处理。