5毫米肾结石可以通过以下方式处理：
1.多喝水：保证每天摄入足够的水分，有助于稀释尿液，减少结石形成的风险。
2.饮食调整：限制草酸、嘌呤和钠盐的摄入，增加水果、蔬菜和粗粮的摄入。
3.运动：适当的运动可以促进结石排出体外。
4.药物治疗：在医生的指导下使用药物，如排石药物、止痛药物等。
5.体外冲击波碎石术：如果结石较大或位置较特殊，可以采用体外冲击波碎石术将其击碎。
6.输尿管镜取石术：通过输尿管镜将结石取出。
7.经皮肾镜取石术：适用于较大的肾结石。
需要注意的是，具体的治疗方法应根据结石的大小、位置、患者的身体状况等因素来选择。在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗方案，并定期复查，以确保结石能够顺利排出体外。如果出现疼痛、血尿等症状，应及时就医。