扁桃体发炎后扁桃体上出现小孔，可能与以下原因有关。
1.感染：扁桃体炎是由细菌或病毒感染引起的，炎症可能导致扁桃体组织肿胀、溃疡和坏死。在这个过程中，扁桃体上可能会出现小孔，这些小孔是由于炎症导致的组织破坏和修复形成的。
2.免疫反应：人体的免疫系统会对感染做出反应，产生免疫球蛋白和细胞因子。这些免疫物质可能会导致扁桃体组织损伤和炎症反应，进而形成小孔。
3.其他因素：扁桃体上的小孔也可能与其他因素有关，如扁桃体结石、扁桃体角化症等。这些情况可能导致扁桃体表面出现小的隆起或凹陷，类似于小孔。
需要注意的是，扁桃体上的小孔并不一定意味着严重的问题，但如果伴随其他症状，如发热、喉咙疼痛、吞咽困难等，建议及时就医。医生会进行详细的检查和评估，确定具体原因，并给出相应的治疗建议。
在扁桃体发炎后的恢复期间，应注意保持口腔卫生，多喝水，避免食用辛辣、刺激性食物。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。此外，对于反复发作的扁桃体炎，医生可能会建议进行扁桃体切除术，以预防并发症的发生。