头痛时，核磁共振（MRI）和计算机断层扫描（CT）都可作为辅助诊断的工具，但具体选择哪种检查方法，需要根据具体情况来决定。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因：
结构性问题：如果怀疑头痛与脑部结构异常有关，如肿瘤、脑积水、脑梗死等，或者存在神经系统症状，如抽搐、瘫痪、感觉异常等，MRI可能更适合，因为它能提供更详细的脑部结构信息。
急性头痛：如果头痛突然发作，且症状严重，如剧烈头痛、呕吐、意识不清等，CT可能是首选，因为它可以快速排除脑部出血等紧急情况。
2.病史和症状：
年龄：儿童和青少年头痛，MRI可能更有帮助，因为一些先天性或发育性疾病在这个年龄段更为常见。老年人头痛，特别是伴有认知障碍或其他神经系统症状时，MRI也更适合。
头痛特点：如果头痛是慢性、反复发作的，且与头部外伤无关，MRI可能更有价值。如果头痛是急性、剧烈的，且与头部外伤有关，CT可能更合适。
其他症状：如果伴有视力问题、耳鸣、耳聋、面部麻木等症状，MRI可能更有助于诊断病因。
3.个人情况：
怀孕：如果怀疑怀孕或可能怀孕，CT检查应尽量避免，因为辐射可能对胎儿有影响。此时，MRI是更安全的选择。
幽闭恐惧症：MRI检查需要在封闭的磁体室内进行，如果患者有幽闭恐惧症，可能会感到不适或焦虑，此时CT可能更适合。
体内金属植入物：如果体内有金属植入物，如起搏器、金属假牙等，CT检查可能更安全，因为MRI可能会对这些金属产生影响。
综上所述，一般来说，如果怀疑脑部有结构性问题或存在神经系统症状，MRI是更好的选择；如果头痛突然发作且症状严重，或需要排除脑部出血等紧急情况，CT是首选。但在某些情况下，医生可能会根据具体情况综合考虑，或建议同时进行MRI和CT检查，以获得更全面的信息。最终的检查选择应在医生的指导下进行。