半夜起来上厕所头晕，可能是以下原因引起：
1.体位性低血压：从卧位或蹲位突然站起时，血压调节不及时，导致大脑短暂供血不足。
2.低血糖：夜间未进食或进食过少，可导致低血糖，引起头晕。
3.睡眠呼吸暂停综合征：睡觉时呼吸暂停，导致缺氧，也会引起头晕。
4.其他：贫血、颈椎病、内耳性眩晕等也可能导致半夜起来上厕所头晕。
如果头晕症状持续不缓解或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如血压、血糖、血常规、颈椎X线或CT、头颅CT或MRI等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意改变体位时动作缓慢，避免长时间低头或仰头，保证充足的睡眠，避免劳累和情绪激动。