牙根部缝隙发黑可能是以下原因导致的：
1.牙结石：（1）口腔卫生不佳，食物残渣、细菌等在牙齿表面沉积，形成牙菌斑。（2）牙菌斑未及时清除，逐渐钙化形成牙结石，覆盖在牙齿根部。（3）牙结石表面容易吸附细菌和色素，使牙齿根部变黑。
2.龋齿：（1）细菌感染、牙齿长期清洁不到位等原因导致牙齿硬组织脱矿、破坏。（2）龋齿进展到一定程度，会形成龋洞，牙根部也会变黑。
3.牙髓坏死：（1）龋齿、外伤等原因导致牙髓感染、坏死。（2）牙髓坏死后，牙齿失去营养供应，颜色逐渐变暗。
4.四环素牙：（1）在牙齿发育期间，服用了四环素类药物。（2）药物会沉积在牙齿组织中，使牙齿变黄、变黑。
5.氟斑牙：（1）长期饮用含氟量过高的水。（2）氟离子会影响牙齿的正常代谢，导致牙齿表面出现白垩色或黄褐色斑块。
6.吸烟、喝茶、喝咖啡等：（1）这些习惯会使牙齿表面附着色素，使牙齿根部变黑。
如果发现牙根部缝隙发黑，建议及时就医，医生会根据具体情况进行相应的治疗，如洗牙、补牙、根管治疗、烤瓷牙等。同时，要保持良好的口腔卫生，定期洗牙，预防口腔疾病的发生。