患有滴虫性男性尿道炎后，应在医生的指导下选择合适的药物进行治疗，以下是一些常用的药物：
1.甲硝唑：对滴虫有较强的杀灭作用，是治疗滴虫性尿道炎的首选药物。一般采用口服的方式，用药期间可能会出现恶心、呕吐等不良反应。
2.替硝唑：作用机制与甲硝唑相似，疗效优于甲硝唑，不良反应较甲硝唑少。
3.局部用药：对于尿道炎症状较明显的患者，可使用甲硝唑栓剂，经阴道给药，以减轻局部症状。
需要注意的是，滴虫性尿道炎具有传染性，治疗期间应避免性生活，同时性伴侣也需要进行检查和治疗，以防交叉感染。此外，患者应遵循医生的建议，按时、按量服药，并注意个人卫生，保持尿道口清洁。如果用药后症状没有明显改善或出现加重，应及时复诊，调整治疗方案。