自动流产后第三天肚子痛，可能是以下原因引起：
1.子宫收缩：流产后，子宫需要收缩以恢复到正常大小，这可能会导致肚子痛。这种疼痛通常是阵发性的，并且在几天后会逐渐减轻。
2.宫腔残留：如果流产不完全，宫腔内有残留的组织，可能会导致肚子痛和出血。需要进行B超检查，以确定是否需要清宫。
3.感染：流产后，如果不注意个人卫生，可能会引起感染，导致肚子痛、发热等症状。需要及时就医，进行抗感染治疗。
4.其他：如肠痉挛、肠梗阻等，也可能导致肚子痛。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.注意休息：流产后需要休息一段时间，避免过度劳累和剧烈运动。
2.注意个人卫生：保持外阴清洁，勤换卫生巾。
3.饮食调整：饮食宜清淡，避免辛辣、刺激性食物。
4.观察症状：如果肚子痛逐渐加重或伴有发热、出血等症状，应及时就医。
5.按医生建议治疗：如果是感染引起的，需要使用抗生素进行治疗；如果是宫腔残留，可能需要清宫。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果对肚子痛的原因和处理方法有疑问，应及时咨询医生。同时，流产后需要注意身体恢复，避免留下后遗症。