自然流产第三天肚子疼得厉害，可能是以下原因引起：
1.子宫收缩：自然流产后，子宫需要通过收缩来排出剩余的组织和血块，这可能会导致肚子疼。这种疼痛通常是阵发性的，并且会逐渐减轻。如果疼痛持续时间较长或加剧，可能需要就医。
2.感染：自然流产后，子宫和阴道容易受到细菌感染。如果发生感染，可能会导致肚子疼、发热、阴道分泌物异常等症状。需要及时就医，使用抗生素进行治疗。
3.残留组织：自然流产可能不完全，子宫内有残留的组织需要排出。如果残留组织较大，可能会导致肚子疼。需要进行B超检查，如有必要，进行清宫手术。
4.其他：自然流产后，身体需要恢复，可能会出现一些不适症状，如肚子疼、腰疼、乳房胀痛等。这些症状通常会在一段时间后自行缓解。
如果自然流产第三天肚子疼得厉害，建议及时就医，进行相关检查，以确定原因并采取相应的治疗措施。同时，需要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，避免感染。