宝宝高烧39度，且已经服用药物，可采取以下措施。
1.继续观察：给宝宝多喝水，注意休息，密切观察体温变化和宝宝的精神状态。如果宝宝体温持续不降或出现其他异常症状，如呼吸急促、咳嗽加剧、抽搐等，应及时就医。
2.物理降温：除了服用退烧药外，还可以采用物理降温的方法，如温水擦浴、冷敷等。但要注意，不要给宝宝用酒精擦浴，以免引起酒精中毒。
3.保持通风：保持室内空气流通，温度适宜，避免宝宝着凉。
4.饮食调整：宝宝高烧时，消化功能会受到一定影响，饮食应以清淡、易消化为主，如米汤、面条、果汁等。
5.就医治疗：如果宝宝高烧持续不退，或出现其他严重症状，应及时就医，在医生的指导下进行治疗。
需要注意的是，每个宝宝的体质不同，对药物的反应也可能不同。如果宝宝服用退烧药后体温仍未下降，或出现其他异常情况，应及时咨询医生，以便调整治疗方案。同时，在给宝宝使用退烧药时，应按照医生的建议剂量使用，不要自行增减药量。