3岁宝宝脸上起小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.湿疹：如果宝宝属于过敏体质，接触过敏原后可能会引发湿疹，导致脸上起小疙瘩。此外，宝宝穿的衣物过厚、室内温度过高等，也可能会诱发湿疹。湿疹可导致宝宝皮肤出现红斑、丘疹、水疱等，伴有瘙痒感。如果是湿疹引起，可遵医嘱局部涂抹炉甘石洗剂、氧化锌软膏等药物缓解症状。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免接触过敏原。
2.痤疮：痤疮是一种毛囊皮脂腺的慢性炎症性疾病，可发生于任何年龄段。如果宝宝在出生后皮脂腺分泌功能活跃，可能会导致皮脂腺堆积，形成粉刺。如果粉刺感染，可能会形成炎症性丘疹、脓疱等。痤疮一般可自行消退，不需要特殊治疗。如果症状比较严重，可在医生的指导下外用维A酸乳膏、过氧化苯甲酰凝胶等药物进行治疗。
3.痱子：痱子是由于汗液排出不畅，导致汗腺周围发炎引起的。如果宝宝长时间处于高温、闷热的环境中，或者穿的衣物过多、不透气，可能会导致痱子的发生。痱子可表现为针尖大小的水疱、丘疹、脓疱等，伴有瘙痒感。要注意保持宝宝皮肤清洁、干燥，避免搔抓，可外用痱子粉、炉甘石洗剂等药物缓解症状。
4.其他：宝宝脸上起小疙瘩还可能与蚊虫叮咬、传染性软疣、单纯糠疹等有关。
如果宝宝脸上的小疙瘩持续不消退或逐渐加重，建议及时带宝宝就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持宝宝皮肤清洁，避免搔抓，避免使用刺激性的护肤品和化妆品。