怀孕三个月肚子疼类似痛经可能由以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现间歇性的收缩，引起轻微的疼痛，类似于痛经。
2.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带也会被拉伸，可能会导致腹部疼痛。这种疼痛通常是双侧的，而且不会很剧烈。
3.其他原因：在怀孕早期，孕妇的身体会发生一系列变化，如激素水平的变化、盆腔充血等，这些变化也可能引起腹部不适。
4.先兆流产：如果疼痛伴随着阴道出血、腰痛等症状，可能是先兆流产的迹象。需要及时就医，进行保胎治疗。
5.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，如输卵管、卵巢等。宫外孕可能导致剧烈的腹痛，甚至引起大出血，是一种严重的情况，需要立即就医。
6.其他疾病：如肠胃炎、阑尾炎等也可能引起腹部疼痛，但这些情况通常还会伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热等。
如果怀孕三个月时出现肚子疼类似痛经的情况，建议及时就医，进行详细的检查，以确定疼痛的原因。医生可能会进行B超检查、血液检查等，以排除潜在的问题。在就医之前，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果疼痛加剧或伴有其他异常症状，应立即就医。同时，孕妇应保持良好的心态，遵循医生的建议，进行适当的治疗和护理。