大便出血且肛门疼痛，可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵裂后形成的小溃疡，通常呈梭形或椭圆形，常因便秘导致肛管皮肤损伤，进而引起疼痛、便血。典型表现为疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂三联征，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.内痔：以便血和脱出为主要症状，多为无痛软性肿块。内痔可分为四期，不同期别的内痔症状有所不同。
3.外痔：肛门外部可见皮赘，肛门部潮湿、瘙痒，如有血栓形成及皮下血肿则有剧痛。
4.肛管及直肠炎症：溃疡性结肠炎、克罗恩病等炎症性肠病可累及肛管及直肠，导致局部黏膜充血、水肿甚至溃疡形成，从而引起便血和疼痛。此外，肛窦炎、直肠炎等也可出现类似症状。
5.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，如直肠癌、肛管癌等，也可导致大便出血和肛门疼痛。
6.其他：肛门损伤、肛门脓肿、肛瘘等也可引起类似症状。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体病因需要结合详细的病史、体格检查、实验室检查和影像学检查等综合判断。如果出现大便出血且肛门疼痛的症状，应及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。此外，在就医前应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，同时应注意休息，避免过度劳累。