指甲上有针眼样小坑，可能是以下原因引起：
1.营养不良：如果长期饮食不均衡，缺乏某些维生素、矿物质等营养物质，可能会导致指甲营养不良，出现小坑、凹陷等异常。
2.甲癣：由皮肤癣菌感染引起，可导致指甲变色、增厚、变形、易碎等，也可能出现小坑。
3.银屑病：这是一种慢性炎症性皮肤病，除了皮肤损害外，指甲也可能受到影响，出现凹陷、纵嵴、变色等异常。
4.扁平苔藓：表现为紫红色多角形扁平丘疹，可累及皮肤、黏膜、指甲等，指甲可出现纵嵴、凹陷等。
5.湿疹：病因尚不明确，可能与遗传、环境、免疫等因素有关。湿疹可以影响指甲，导致指甲出现小坑、增厚、变色等。
6.其他：外伤、感染、系统性疾病（如糖尿病、银屑病等）等也可能导致指甲出现异常。
如果发现指甲上有针眼样小坑，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持指甲清洁卫生，避免搔抓、挤压指甲，避免接触刺激性物质。