阴茎根部皮肤有两个小肉粒可能是尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹、皮脂腺异位症、传染性软疣等疾病的表现，也可能是正常的生理结构，需要及时就医，由医生明确诊断。以下是这些情况的具体介绍：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣通常表现为阴茎根部或冠状沟处的单个或多个小肉粒，逐渐增大或增多，可呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面湿润或有出血。尖锐湿疣可通过醋酸白试验、HPV检测等方法确诊。治疗方法包括物理治疗、药物治疗、免疫疗法等。
2.珍珠状阴茎丘疹：是一种发生在阴茎冠状沟处的珍珠状、半透明丘疹，可能与包皮过长、局部刺激等有关。珍珠状阴茎丘疹一般无自觉症状，对健康无影响，通常不需要治疗。如果患者有治疗需求，可通过激光、冷冻等方法去除丘疹。
3.皮脂腺异位症：是一种皮脂腺疾病，病因不明，可能与内分泌因素、局部刺激等有关。皮脂腺异位症可发生在阴茎、口腔黏膜等部位，表现为针头大小的黄白色小丘疹，无自觉症状。皮脂腺异位症一般不需要治疗，也不会传染。如果患者觉得影响美观，可通过激光、电灼等方法去除丘疹。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，主要通过直接接触传播。传染性软疣可表现为阴茎根部的半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。传染性软疣可通过疣体挤出物检查、HPV检测等方法确诊。治疗方法包括刮除、冷冻、激光等。
总之，如果发现阴茎根部皮肤有小肉粒，应及时就医，明确诊断，并根据具体情况选择合适的治疗方法。同时，应注意个人卫生，避免搔抓、摩擦疣体，以防传染。